La casa de "Atras"...

El 9 de julio de 1942, la familia se mudó al escondite preparado y su antiguo apartamento fue dejado en desorden para hacer pensar que había sido abandonado de manera súbita, Otto Frank dejó una nota de la que se podía deducir que habían logrado escapar hacia Suiza. Como los judíos no podían utilizar los transportes públicos debieron caminar varios kilómetros desde su casa hasta el refugio, portando cada uno todas las vestimentas que pudieron, dado que no podían correr el riesgo de ser vistos con equipajes. La achterhuis (palabra holandesa en la que huis significa casa y achter, más atrás), era un espacio de tres pisos en la parte posterior del edificio con acceso a un patio detrás de las oficinas de Opekta. En el primer nivel había dos pequeñas habitaciones, con un baño adjunto sobre el que se encontraba una gran habitación, con otra más pequeña adjunta. De esa habitación pequeña se subía hacia el ático. La puerta de la achterhuis fue cubierta con una estantería para que no se la pudiera ver. Ana se referiría más tarde a este espacio como el anexo secreto. El edificio principal, situado a una manzana de Westerkerk, era un edificio banal, típico de los barrios del oeste de Ámsterdam.

Víctor Kugler (en ediciones antiguas nombrado como Kraler), Johannes Kleiman (Koophuis), Miep Gies y Elisabeth "Bep" Voskuijl eran los únicos empleados que sabían del escondite y, junto con Jan, el esposo de Gies y Johannes Hendrik Voskuijl, el padre de Voskuijl, eran quienes ayudaban a los Frank a sobrevivir durante la duración de su confinamiento. Ellos eran el único contacto entre el exterior y los ocupantes de la casa, y los mantenían informados de las noticias de guerra y de los eventos políticos. Eran también los proveedores de todo lo necesario para la seguridad y supervivencia de la familia; el abastecimiento de comida resultaba cada vez más difícil a medida que el tiempo transcurría. Ana escribió sobre la dedicación y sobre los esfuerzos para levantarles el ánimo durante los momentos más peligrosos. Ellos eran conscientes de que dar refugio a judíos se penaba en aquel momento con la muerte.

A finales de julio, se les unió la familia van Pels (Van Daan): Hermann, Auguste, y Peter de 16 años, y más tarde en noviembre llegó Fritz Pfeffer (Albert Dussel), dentista y amigo de la familia. Ana escribió sobre lo bueno que era tener otras personas con quién hablar, pero las tensiones rápidamente se presentaron en este grupo de personas que debían compartir confinados este escondite. Luego de compartir su habitación con Pfeffer, Ana terminó por considerarlo insoportable, y se peleó con Auguste van Pels, a quien consideraba fuera de sus cabales. Su relación con su madre se hizo difícil también y Ana escribió que sentía tener poco en común con ella por ser su madre demasiado abstraída. Aunque algunas veces discutió con Margot, escribió sobre un lazo inesperado que se había desarrollado entre ellas, aunque a quien se sentía más cercana era a su padre. Tiempo más tarde, también comenzó a apreciar la gentileza de Peter van Pels y hasta llegaron a tener sentimientos románticos.

Ana pasaba la mayor parte de su tiempo leyendo y estudiando, al tiempo que continuaba escribiendo en su diario. Además de narrar los eventos transcurridos, Ana escribía sobre sus sentimientos, creencias y ambiciones, temas de los que no hablaba. Al sentirse más segura sobre su forma de escribir, al mismo tiempo que crecía y maduraba, escribía sobre temas más abstractos, como sus creencias en Dios, o sobre cómo definía ella la naturaleza humana. Escribió regularmente hasta su anotación final, el 1 de agosto de 1944.